第一阶段是升温干燥阶段。喷雾干燥室内温度上升到30℃-35℃，循环风速2.3米/秒，温度30℃-35℃。循环风速1.3米/秒时，热风的传递和鲜果游离水分的扩散蒸发加快，尤其是果实皮层失水达15%，表皮出现曲皱，果肉内含结构水也从皮层气孔开始慢慢渗出蒸发，次期的升速脱水，果内糖分浓度加大，抑制了果内活化酶的活性，保护了多糖、维生素、氨基酸等主要成分不被转化或损失，尤其对红色素保护好，干燥的果实色红质量高。这个阶段历市时3个小时左右。

第二阶段为恒速干燥阶段。35-45℃鲜果由于果内的水分外渗，皮层聚集充分的非结合水分，这是因为表面的水蒸气压与温度气压基本相同，压迫果实内部水分很快移向表面以满足表皮水分汽化的需要。排湿风机自己启动 关闭，烘干时间需要4小时左右。

第三阶段果实内失水率达到近50%时，室内温度自然上升到45℃-55℃，循环风速可有所下调，果内含水越少，脱水时间越短。此期历时10-12小时左右。大量地脱水使果实体形缩小，即平常说的呈半干状态，此期称重测水，果实内含水30%左右。
第四阶段为降速干燥阶段。当果实含水降到一定数值（30%左右）后，果内的导热性变小，内外温差增大，当室内热空气达到55℃-60℃时，由于果内水分越来越少，水分的外移蒸发速率下降，水分渗出缓慢，所以还需相当的时间来缓慢排出。此期约12-15个小时才能使果实含水降到13%以下。

枸杞鲜果干燥的普遍现象是果实表面水分扩散大于内部扩散速度，果内含游离水外渗速率大于结构水外渗速率，这是枸杞鲜果内含糖分高导致脱水干燥困难的缘故。如果干燥室内温度过高，鲜果表面水分散失过快，而果内水分的外渗又供不上来，则表皮会起泡，阻塞了排水气孔，反而使果内水分排不出来，此时皮层已脱色、品质下降。所，鲜果先进行表面油脂冷浸处理，加上适宜的温度和风速，在表皮脱水的同时通过气孔透入果内的温度升高，有利于果内的水分排出，从而加快了干燥速度，并能保证烘干质量。